Domain mode não suporta deploy diretamente no filesystem, isso quer dizer que não é possível fazer deploy de EAR/WAR/SAR aberto
Domain mode permite gerenciamento centralizado de todas as instâncias JBoss do ambiente, porém há algumas limitações (ou problemas conhecidos) quanto a disponibilidade do domain causam instabilidade no ambiente:
Caso o HostController (HC) seja reiniciado mas o DomainController (DC) permaneça disponível, o HC não identifica a queda desse HC e quando ele tenta conectar novamente, o mesmo acusa que ele já está registrado.
Caso o DC esteja indisponível durante o inicio do HC, não é possível inicia-lo. É possível, claro, iniciar o HC com backup da ultima configuração disponível (usando os parâmetros —backup e —cached-dc).
Caso o DC fique indisponível mas o HC permaneça no ar, não há problemas.
Normalmente Standalone mode é utilizado para ambiente de desenvolvimento, principalmente pela simplicidade do ambiente, porém nada impede de usar Domain mode para gerenciar todas as instâncias JBoss do ambiente de desenvolvimento.
Standalone mode mantem cada instância com a configuração isolada, assim é possível que ocorra alguma divergência da configuração entre os servers, todo caso, é possível criar alguma ferramenta que ajuste os arquivos de configuração em todas as instâncias simultaneamente. Normalmente grandes alterações na configuração do ambiente somente ocorrem durante a implantação do mesmo. Assim, mesmo que trabalhoso, não é realmente um problema.
E quanto ao deploy:
DomainMode faz, por padrão, deploy em todas as as instâncias do grupo simultaneamente o que pode causar indisponibilidade da aplicação durante esse tempo. É possível usar a opção rollup-to-servers para contornar o problema, porém a mesma só está disponível pelo JBoss-CLI. Para quem utiliza o JON (ou RHQ) para gerenciar os deploys, a opção rollup-to-servers não está disponível.
No StandaloneMode o deploy deve ser realizado uma instância de cada vez. Assim o JON (ou RHQ) tende a ser uma ferramenta essencial no processo.